বাংলাদেশে মানসম্মত স্নাতকোত্তর চিকিৎসা শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান হিসেবে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিব মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় জনগণের প্রত্যাশার একমাত্র ভরসাস্থল। ১৯৬৫ সাল থেকে ঐতিহ্যবাহী আইপিজিএমআর নামে শুধু চিকিৎসদের স্নাতকোত্তর ডিগ্রি প্রদান করে আসছে এই প্রতিষ্ঠানটি। আন্ডার গ্র্যাজুয়েট মেডিকেল শিক্ষা বাংলাদেশে এখনো বিচ্ছিন্নভাবে অন্যান্য বিশ্ববিদ্যালয়ের সঙ্গে সম্পৃক্ত আছে। যেখান থেকে তাদের ডিগ্রি প্রদান করা হয়। এর ফলে মান ও সমতা বিধানে বিরাজ করছে বৈষম্য।

জাতির জনক বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের নামে প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা ১৯৯৮ সালের ৩০ এপ্রিল চিকিৎসক সমাজের দীর্ঘদিনের দাবির পরিপ্রেক্ষিতে ঢাকার শাহবাগে অবস্থিত আইপিজিএমআর-কে উন্নীত করে দেশের প্রথম মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় হিসেবে প্রতিষ্ঠিত করেন। মেডিকেল উচ্চশিক্ষা ও উন্নত গবেষণার মাধ্যমে দেশের মানুষকে উন্নত বিশ্বের মতো স্বাস্থ্যসেবা প্রদানের লক্ষ্যে মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠা এক যুগান্তকারী পদক্ষেপ।