ট্রেনে অগ্নিসংযোগের ঘটনায় জড়িতদের শনাক্ত করতে পারেনি আইনশৃঙ্খলা রক্ষাকারী বাহিনী। তাদের চিহ্নিত করতে বিমানবন্দর থেকে তেজগাঁও স্টেশন পর্যন্ত রেলপথের দু’পাশের বিভিন্ন স্থাপনার সিসিটিভি ফুটেজ সংগ্রহ করা হয়েছে। তবে আগুন লাগার স্থান নিয়ে সংস্থাগুলোর মতপার্থক্য রয়েছে। রেলওয়ে গত মঙ্গলবার নথিতে লিখেছিল, ক্যান্টনমেন্ট স্টেশন ছাড়ার পর মোহনগঞ্জ এক্সপ্রেসে আগুন দেখা যায়। তবে আইনশৃঙ্খলা বাহিনীর কেউ কেউ ধারণা করছিলেন, বিমানবন্দর স্টেশনে আগুন দিয়ে নাশকতাকারীরা নেমে যায়।
আগুন লাগানোর প্রায় ১৫ মিনিট পর কেন ট্রেনটি থামানো হলো– তা নিয়েও প্রশ্ন তুলেছেন অনেকে। তবে রেলের জ্যেষ্ঠ কর্মকর্তারা এ প্রশ্নকে ভিত্তিহীন বলছেন। তারা সমকালকে জানিয়েছেন, ভোর ৪টা ৪০ মিনিটে বিমানবন্দর স্টেশন ছাড়ে মোহনগঞ্জ এক্সপ্রেস। ক্যান্টনমেন্ট স্টেশনে পৌঁছাতে আট মিনিট লাগে। এরপর আগুন দেখে গার্ড ট্রেন থামাতে লোকোমাস্টারকে (চালক) সংকেত দেন। ভোর ৪টা ৫৮ মিনিটে ট্রেন থামানো হয়। যদিও মঙ্গলবার রাতে ঢাকা রেলওয়ে থানায় অচেনা ব্যক্তিদের বিরুদ্ধে মোহনগঞ্জ এক্সপ্রেসের পরিচালক (গার্ড) খালেদ মোশারেফের মামলার এজাহারে বলা হয়েছে, ভোর ৪টা ৪৩ মিনিটে আগুন দেওয়া হয়।