অসাম্প্রদায়িকতাই ছিল বঙ্গবন্ধুর রাজনৈতিক দর্শনের মূলভিত্তি। তিনি ছোটবেলা থেকেই অসাম্প্রদায়িক ছিলেন। স্কুল জীবন থেকেই তিনি বন্ধু-বান্ধবের সাথে যে আচরণ করতেন তা ছিল সম্পূর্ণ অসাম্প্রদায়িক। নিজে মুসলিম লীগের একজন সদস্য হয়েও অন্য কোনো দলের প্রতি তার বিদ্বেষ ছিল না।
কলকাতায় অধ্যয়নরত অবস্থায় ১৯৪৬ সালে যখন হিন্দু-মুসলিম দাঙ্গা হয়েছিল, তখন তিনি হোসেন শহীদ সোহরাওয়ার্দীর নেতৃত্বে দাঙ্গা বিরোধী তৎপরতায় নিয়োজিত ছিলেন এবং হিন্দু-মুসলমান উভয় সম্প্রদায়ের লোককে নিরাপদে রাখার চেষ্টা করেছিলেন। তাছাড়া তখন শেরে বাংলা, দেশবন্ধু চিত্তরঞ্জন, মাওলানা ভাসানীর নেতৃত্বে যে অসাম্প্রদায়িক রাজনীতি এদেশে গড়ে উঠেছিল তিনি ছিলেন তার একজন সমর্থক।