১৯৫৫ সালের ১০ অক্টোবর পাবনার সুজানগর থানার মুরারিপুর গ্রামের এক সম্ভ্রান্ত মুসলিম পরিবারে জন্মগ্রহণ করেন তিনি। খোন্দকার গোলাম মোর্ত্তজার পিতা প্রয়াত খোন্দকার মুর্শিদুল হোসেন এবং মাতা প্রয়াত সালেহা মুর্শিদ।

খোন্দকার গোলাম মোর্ত্তজা ১৯৭১ সালের মহান মুক্তিযুদ্ধে সক্রিয় অংশগ্রহণ করেন। মুক্তিযুদ্ধ পরবর্তী স্বাধীন বাংলাদেশে ১৯৭২ সালে ঢাকা নটরডেম কলেজ থেকে এইচএসসি পাশ করে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের রাষ্ট্রবিজ্ঞান বিভাগে ভর্তি হন তিনি। 

১৯৮৯ সালে জাতীয় রাজনীতিতে নতুন মেরুকরণ সৃষ্টি হলে সাংবাদিক আনোয়ার জাহিদের নেতৃত্বে এনডিপি প্রতিষ্ঠিত হয়। খোন্দকার গোলাম মোর্ত্তজা তখন দলটির প্রতিষ্ঠাতা সিনিয়র ভাইস চেয়ারম্যান হন। পরবর্তীতে ১৯৯০ সালে আনোয়ার জাহিদ এনডিপি থেকে পদত্যাগ করলে খোন্দকার গোলাম মোর্ত্তজা দলের ভারপ্রাপ্ত চেয়ারম্যান মনোনীত হন। এরপর ১৯৯১ ও ১৯৯৬ সালে পাবনা-০২ আসন থেকে এনডিপির পক্ষে বাঘ মার্কা প্রতীকে জাতীয় সংসদ নির্বাচনে অংশগ্রহণ করেন তিনি। ’৯১ পরবর্তী এনডিপির কাউন্সিলে খোন্দকার গোলাম মোর্ত্তজা দলের চেয়ারম্যান নির্বাচিত হন। এরপর ২০০৬ সালের কাউন্সিলে খোন্দকার গোলাম মোর্ত্তজা আবারো দলের চেয়ারম্যান নির্বাচিত হন। খোন্দকার গোলাম মোর্ত্তজার নেতৃত্বাধীন এনডিপি বর্তমানে ২০ দলীয় জোটের অন্যতম শরিক দল।