ব্যক্তিগত সুরক্ষার জন্য অ্যান্ড টু অ্যান্ড এনক্রিপশন, দুই স্তরের যাচাইকরণ প্রক্রিয়াসহ আঙুলের ছাপ শনাক্তকরণের সুবিধাও রয়েছে অ্যাপটিতে। এসব সুবিধার কারণে নিরাপদে বার্তা আদান-প্রদানের পাশাপাশি নির্দিষ্ট ব্যবহারকারী ছাড়া অন্য কেউ হোয়াটসঅ্যাপ অ্যাকাউন্টে প্রবেশ করতে পারেন না।
কিন্তু অনেক সময় আঙুলের ছাপ ব্যবহার করে হোয়াটসঅ্যাপে লগইন করা যায় না। এ সমস্যা সমাধানে দ্রুত ব্যবহারকারীর পরিচয় যাচাই করতে পাসকি পদ্ধতি চালু করছে হোয়াটসঅ্যাপ।