কেমোথেরাপির যেসব পার্শ্বপ্রতিক্রিয়া আছে, তার মধ্যে চুল পড়ে যাওয়া, বমি ভাব বা বমি হওয়া, পাতলা পায়খানা, খাবারে অরুচি, চামড়া বা নখের রং পরিবর্তন, মুখে ঘা, বিষণ্নতা সবচেয়ে পরিচিত। কেমোথেরাপির জন্য চুল পড়ে যাওয়া খুব স্বাভাবিক ব্যাপার। সব ধরনের কেমোথেরাপিতে এমন হয় না, তবে কেমোথেরাপির ধরন অনুযায়ী কমবেশি হয়ে থাকে। কেমোথেরাপির জন্য চুল পড়ে যাওয়া রোধের আদতে কোনো উপায় নেই। কেমোথেরাপি শেষ হয়ে গেলে বেশির ভাগ ক্ষেত্রে আবার স্বাভাবিক চুল ওঠা শুরু হয়। তাই এ নিয়ে মন খারাপ করার কিছু নেই।
আধুনিক পদ্ধতি অবলম্বন করে কেমোথেরাপি প্রয়োগে বমি ভাব বা ডায়রিয়ার প্রবণতা অনেক কমে এসেছে। তবে কোনো কোনো ক্ষেত্রে বমি ভাব হতে পারে এবং অল্পবিস্তর পাতলা পায়খানা হতে পারে, যা শরীরে ক্যানসারের স্থানের ওপর নির্ভর করে। অনেকের খাদ্যনালির ক্যানসারের জন্যও বমি ভাব বা পাতলা পায়খানা হয়। যদি কারও বমি ভাব বেশি হয়, সে ক্ষেত্রে আধুনিক ওষুধ প্রয়োগ করে তার প্রতিরোধ ও প্রতিকার সম্ভব। কিছু কিছু ক্ষেত্রে মাত্রাতিরিক্ত বমি বা পাতলা পায়খানা হলে চিকিৎসকের তত্ত্বাবধানে হাসপাতালে ভর্তি হতে হয়।
কেমোথেরাপির জন্য খাবারে অরুচিও হয়। তবে তা বিভিন্ন ওষুধ সেবনের মাধ্যমে প্রতিরোধ ও প্রতিকারযোগ্য। কিছু কিছু কেমোথেরাপিতে হাত ও পায়ের তালুর চামড়ার পরিবর্তন হয়। যেমন চামড়া উঠে যাওয়া, ব্যথা, ঘা হওয়া, এমনকি ক্ষেত্রবিশেষে রক্ত পড়তে পারে। অনেকের শরীরে নানা স্থানে নীলাভ দাগ হতে পারে এবং নখ কালো হয়ে যেতে পারে। এসব ক্ষেত্রে একদমই ঘাবড়ানোর কারণ নেই।