অধিকাংশ এলাকায় পানির সংযোগ থাকলেও খাবার পানির জন্য গভীর নলকূপের ওপর নির্ভর করেন পটুয়াখালী পৌরসভার বাসিন্দারা। বিশেষ করে পৌর পানির লাইন দীর্ঘ এলাকায় বিস্তৃত হওয়ায় এ পানি পানে স্বাচ্ছন্দ্যবোধ করেন না তারা।
তবে গত কয়েক বছর ধরে শহরের গভীর নলকূপগুলো অকেজো হয়ে যাচ্ছে। পাশাপাশি পৌরসভা যে পানি সরবরাহ করে তাও এখন ঠিকভাবে পাওয়া যাচ্ছে না। ফলে সুপেয় পানির জন্য অনেক বাসাবাড়িতে সাব মারসিবল পাম্পের ওপর নির্ভর করতে হচ্ছে।