ভারতের প্রধানমন্ত্রী নরেন্দ্র মোদির সফরের বিরোধিতা করে চালানো তাণ্ডবের ঘটনায় সরকারের কঠোর অবস্থানে বিপাকে পড়েছে হেফাজতে ইসলাম। রাষ্ট্রবিরোধী উস্কানি ও ঔদ্ধত্যপূর্ণ বক্তব্য এবং সহিংসতাসহ বিভিন্ন অভিযোগে দায়েরকৃত মামলায় এরই মধ্যে গ্রেপ্তার হয়েছেন হেফাজতের শীর্ষ পর্যায়ের বেশ কয়েকজন নেতা। এদের মধ্যে অন্তত ৩২ জন কেন্দ্রীয় নেতা রয়েছেন। এছাড়া দেশের বিভিন্ন জায়গা থেকে গ্রেপ্তার হয়েছেন আরো অর্ধশতাধিক নেতা-কর্মী। গ্রেপ্তার আতংকে পালিয়ে বেড়াচ্ছেন এখনো ধরাছোঁয়ার বাইরে থাকা নেতারা।
সম্প্রতি গোয়েন্দা পুলিশের হাতে আটক হওয়া হেফাজতের হেভিওয়েট নেতাদের মধ্যে আছেন নারীকাণ্ডে বিতর্কিত মাওলানা মামুনুল হক, আজীজুল হক ইসলামাবাদী, ইলিয়াস হামিদী, ওয়াসেক বিল্লাহ নোমানী, লোকমান হোসেন আমিনী, শাখাওয়াত হোসাইন রাজী, মঞ্জুরুল ইসলাম আফেন্দী, মুফতি বশির উল্লাহ, মাওলানা জুবায়ের, মাওলানা জালাল উদ্দিন ও জুনায়েদ আল হাবীব। এসব নেতাই হেফাজতের মূল নিয়ন্ত্রক ছিলেন বলে জানিয়েছেন গোয়েন্দারা।