স্বাস্থ্য অধিদপ্তরের ভারপ্রাপ্ত মহাপরিচালক (ডিজি) হিসেবে দায়িত্ব পালন করছেন সংস্থাটির অতিরিক্ত মহাপরিচালক (প্রশাসন) অধ্যাপক ডা. নাসিমা সুলতানা।