মায়ের দুধ শিশুকে পাকাশয় ও অন্ত্রের সমস্যা থেকে রক্ষা করে। এই দুধ তাড়াতাড়ি হজম হয় এবং এতে কোষ্ঠকাঠিন্যের সমস্যা হয় না। এ ছাড়াও এই দুধ শিশুর পাকাশয় ও অন্ত্রের রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বাড়ায়। মাতৃদুগ্ধ শিশুর নাক ও গলার ঝিল্লির উপর আস্তরণ তৈরি করে হাঁপানি ও কানের সংক্রমণ থেকেও শিশুকে রক্ষা করে।