বেসরকারি শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান পরিচালনায় কমিটি থাকলেও কার্যত এখন এ ধরনের কমিটির কার্যকারিতা নিয়েই প্রশ্ন উঠছে। বিশেষজ্ঞরা বলছেন, পরিচালনা কমিটির নামে ক্ষেত্রবিশেষে এটি এখন কমিটির দায়িত্বপ্রাপ্তদের আয়ের অন্যতম উৎস হয়ে উঠেছে। অনেক ক্ষেত্রে স্থানীয় প্রভাবশালীদের সামাজিক মর্যাদা অর্জনের ক্ষেত্র হিসেবেও ব্যবহার করা হচ্ছে এই কমিটিকে।
সংশ্লিষ্টরা বলছেন, এক সময় বেসরকারি স্কুল-কলেজের শিক্ষকরা সরকারের কাছ থেকে কোনো বেতন পেতেন না। পরবর্তী সময়ে এমপিওভুক্তির মাধ্যমে তারা ৪০ বা ৫০ শতাংশ বেতন সরকার থেকে পাওয়া শুরু করেন। ২০০৪ সাল থেকে শতভাগ বেতন দিচ্ছে সরকার। আবার স্থানীয়ভাবে বেশির ভাগ শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান নিজস্ব উত্স ব্যবহার করে অনেক অর্থ আয় করে, যা অনেক ক্ষেত্রে শিক্ষক-কর্মচারী ও পরিচালনা কমিটির মধ্যে ভাগ-বাঁটোয়ারা হয়ে থাকে।