অভ্যন্তরীণ কোন্দল কমছেই না বিএনপিতে। মূলত জিয়াউর রহমানের মৃত্যুর পর থেকেই দলটির অভ্যন্তরে বিভিন্ন সময়ে অন্তর্কোন্দল বৃদ্ধি পায়। যার রেশ ধরে ২০০৭ সালে মান্নান ভূঁইয়ার নেতৃত্বে বিএনপিতে সংস্কারপন্থী দল তৈরি হয়। এরপর থেকে ক্ষমতায় আসতে না পারলেও অভ্যন্তরীণ কোন্দল থেকে কখনোই বের হতে পারেনি দলটি।