বগুড়া শহরের অভ্যন্তর দিয়ে প্রবাহিত করতোয়া নদী দূষণমাত্রা ছাড়িয়ে গেছে। নদীর কোনো কোনো অংশে এই দূষণ বিপজ্জনক স্তরে পৌঁছেছে। পরিবেশ অধিদফতরের এক সমীক্ষায় এই তথ্য উঠে এসেছে।

মৎস্য অধিদফতর ও আন্তর্জাতিক সংস্থা ওয়ার্ল্ড ফিশ দেশের বেশ কয়েকটি নদী নিয়ে একটি সমীক্ষা করে। এরমধ্যে করতোয়া নদীও রয়েছে। সমীক্ষার রিপোর্ট অনুসারে করতোয়া নদীর পানিতে মানুষের স্বাস্থ্যের জন্য ক্ষতিকর মাত্রার ভারী ধাতু রয়েছে।