২০১৩ সালে রাজধানীতে হেফাজতে ইসলাম প্রথম সংঘবদ্ধ শক্তির প্রকাশ ঘটিয়েছিল। তারা জাতীয় মসজিদকে সংঘাত ও নাশকতার কাজে ব্যবহার করেছিল। সরকার প্রথমে পুলিশি শক্তি ব্যবহার করে তাদের দমন করলেও দীর্ঘ মেয়াদে একটি সমঝোতার পথ খুঁজেছিল। হেফাজতের তৎকালীন শীর্ষ নেতাদের সঙ্গে একটা আপসেও পৌঁছেছিল। তাতে হেফাজত লাভবান হলেও সমঝোতা টেকসই হয়নি।
সাধারণ শিক্ষার মতো দেশের মাদ্রাসাশিক্ষারও অনেকগুলো ধারা। তবে প্রধান দুটি হলো সরকারি মাদ্রাসা বোর্ডের অধীন দারুল উলুম বা আলিয়া মাদ্রাসা এবং বেসরকারি বেফাকুল মাদারিসিল আরাবিয়া বাংলাদেশ সংক্ষেপে বাংলাদেশ কওমি মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ডের
অধীনে পরিচালিত কওমি মাদ্রাসা।