১৯৮৯ সালে দ্বিতীয় দফা প্রধানমন্ত্রী থাকার সময়ে এক সামরিক অভূত্থানে মাহদিকে ক্ষমতাচ্যূত করা হয়। এর ফলে সাবেক প্রেসিডেন্ট ওর আল বাশার আবার ক্ষমতা দখল করেন।