বাংলাদেশ প্রিমিয়ার লিগের ১৩ ক্লাবের মধ্যে ৯টি ২০২১ সালে এএফসি লাইসেন্সিংয়ের জন্য আবেদন করেছে। ক্লাবগুলো হচ্ছে বসুন্ধরা কিংস, আবাহনী লিমিটেড, মোহামেডান স্পোর্টিং ক্লাব লিমিটেড, শেখ রাসেল ক্রীড়া চক্র, সাইফ স্পোর্টিং ক্লাব, শেখ জামাল ধানমন্ডি ক্লাব, রহমতগঞ্জ মুসলিম ফ্রেন্ড সোসাইটি, ব্রাদার্স ইউনিয়ন ও উত্তর বারিধারা ক্লাব।

আবেদন না করা ক্লাব চারটি ক্লাব হচ্ছে চট্টগ্রাম আবাহনী, বাংলাদেশ পুলিশ ফুটবল ক্লাব, আরামবাগ ক্রীড়া সংঘ ও মুক্তিযোদ্ধা সংসদ ক্রীড়া চক্র। এএফসির লাইসেন্সকৃত ক্লাবগুলোর মধ্যে থেকেই বাফুফে দ্বিতীয় একটি দলকে ২০২১ সালের এএফসি কাপে খেলার সুযোগ করে দেয়ার চেষ্টা করবে।

ফুটবল মৌসুমের বাকি অংশ পরিত্যক্ত ঘোষণা করায় ২০২১ সালের এএফসি কাপে বাংলাদেশের একটি কোটা নষ্ট হওয়ার শঙ্কা তৈরি হয়েছে। ফেডারেশন কাপ চ্যাম্পিয়ন বসুন্ধরা কিংস খেলার সুযোগ পাবে। লিগ সম্পূর্ণ না হওয়ায় দ্বিতীয় দলের অংশগ্রহণের সুযোগ পাওয়া নিয়ে তৈরি হয়েছে অনিশ্চয়তা।