মোংলা বন্দর থেকে নদীপথে দেশের বিভিন্ন স্থানে পণ্য পরিবহনের গুরুত্বপূর্ণ মাধ্যম হিসেবে ব্যবহূত হয় খুলনা নদীবন্দর। বন্দরের ৪, ৫ ও ৬ নম্বর ঘাটে প্রতি মাসে অর্ধশতাধিক জাহাজ খালি করা হয়। কিন্তু গত ছয় মাস ধরে ঘাটে পণ্য খালাস ব্যাহত হচ্ছে।