সুন্দরবনের ভেতর দিয়ে বাংলাদেশ-ভারত নৌপথে এক যুগে নৌযান চলাচল বেড়ে প্রায় দ্বিগুণ হয়েছে। বিআইডব্লিউটিএর প্রচলিত রীতি অনুযায়ী, সূর্যাস্ত থেকে সূর্যোদয় পর্যন্ত বিশ্বের সবচেয়ে বড় এই ম্যানগ্রোভ বনের ভেতর দিয়ে নৌযান চলাচল না করার কথা থাকলেও তা উপেক্ষা করা হচ্ছে। অনিয়ন্ত্রিতভাবে নৌযান চলাচলের কারণে নদী ভাঙছে। কমে যাচ্ছে বনের আকার। বিভিন্ন সময় কয়লা, সিমেন্টের কাঁচামালবাহী জাহাজডুবিতে পানি দূষিত হচ্ছে। এতে বনের জীববৈচিত্র্য হুমকির মুখে পড়ছে।
নৌপথে বাণিজ্য সম্প্রসারণে ১৯৭২ সালে বাংলাদেশ ও ভারতের মধ্যে প্রথম ‘প্রটোকল অন ইনল্যান্ড ওয়াটার ট্রানজিট অ্যান্ড ট্রেড’ স্বাক্ষরিত হয়। যার আওতায় দুই দেশের নৌপথ ব্যবহার করে প্রতি মাসে কয়েক শ পণ্যবাহী লাইটার জাহাজ চলছে। ভারতের হেমনগর থেকে এসব নৌযান রায়মঙ্গল নৌসীমান্ত হয়ে সুন্দরবনের রায়মঙ্গল, কাঁচিকাটা, মালঞ্চ, আড়পাঙ্গাসিয়া, বাটুলা নদী দিয়ে খুলনার কয়রার আংটিহারা শুল্ক স্টেশনে পৌঁছায়।