ব্যবহারকারীদের তথ্যের নিরাপত্তায় সিক্রেট কনভারসেশন সুবিধা রয়েছে মেসেঞ্জার অ্যাপে। এ সুবিধা চালু থাকলে ব্যবহারকারীদের বার্তা এন্ড টু এন্ড এনক্রিপটেড প্রযুক্তিতে আদান-প্রদান করা হয়। ফলে প্রেরক ও প্রাপক ছাড়া অন্য কেউ বার্তার তথ্য জানতে পারেন না।
সিক্রেট কনভারসেশন সুবিধা চালুর জন্য প্রথমে মেসেঞ্জার অ্যাপের ওপরের ডান দিকে থাকা পেনসিল আইকনে ট্যাপ করতে হবে। এরপর ডান দিকে থাকা লক আইকনের টগল চালু করে সার্চ বক্সে যে ব্যক্তির সঙ্গে বার্তা বিনিময় করতে চান, তার নাম লিখলেই সিক্রেট কনভারসেশন সুবিধা চালু হয়ে যাবে। ফলে আপনাদের মধ্যে আদান-প্রদান করা সব বার্তা এনক্রিপ্টেড আকারে বিনিময় করবে মেসেঞ্জার। শুধু ফোনে এ সুবিধা পাওয়া যাবে।