নিষিদ্ধ থাকার পরও প্রতি বছর ব্যাপকভাবে নিধন হয় জাটকা। প্রশাসনের কড়া নজরদারি আর জেলেদের বিকল্প সহযোগিতা করার পরও জাটকা ধরা সম্পূর্ণ নিয়ন্ত্রণে আনা সম্ভব হচ্ছে না। জাটকা নিধনে প্রতি বছর আর্থিক ক্ষতি ৫ হাজার ৮৯০ কোটি টাকা। জাটকা নিধন একটি নির্দিষ্ট মাত্রায় কমিয়ে আনা সম্ভব হলে ইলিশ উৎপাদন সাত লাখ টনে উন্নীত করা সম্ভব।