উপাচার্য পদে বিশ্ববিদ্যালয়ের জ্যেষ্ঠ শিক্ষকদের নিয়োগ দেওয়া হয়, যাতে শিক্ষক ও শিক্ষার্থীদের সঙ্গে সদ্ভাব রেখে সুষ্ঠুভাবে তাঁরা বিশ্ববিদ্যালয় প্রশাসন চালাতে পারেন। কিন্তু উদ্বেগের সঙ্গে লক্ষ করা যাচ্ছে যে পদে আসীন হওয়ার পর অনেক উপাচার্যই আইনকানুনের তোয়াক্কা না করে স্বেচ্ছাচারী কায়দায় বিশ্ববিদ্যালয় পরিচালনা করে থাকেন। ফলে বিশ্ববিদ্যালয় প্রশাসন শিক্ষকদের প্রতিদ্বন্দ্বী প্রতিষ্ঠানে পরিণত হয়।

সম্প্রতি বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরি কমিশন (ইউজিসি) বেশ কিছু পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রশাসন তথা উপাচার্যের অনিয়ম ও দুর্নীতির অভিযোগ তদন্ত করেছে, যার মধ্যে সবচেয়ে আলোচিত হলো রংপুরের বেগম রোকেয়া বিশ্ববিদ্যালয়। এই বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য নাজমুল আহসান কলিমউল্লাহ ও তাঁর সহযোগী কর্মকর্তাদের বিরুদ্ধে এন্তার অভিযোগ। ইতিমধ্যে বিশ্ববিদ্যালয়ের দুটি ১০ তলা ভবন ও একটি স্মৃতিস্তম্ভের নির্মাণকাজে উপাচার্যের অনিয়মের সত্যতা পেয়েছে ইউজিসির একটি তদন্ত কমিটি। এ ছাড়া তাঁর বিরুদ্ধে অনিয়ম-দুর্নীতি ও স্বেচ্ছাচারিতার ৪৫টি অভিযোগ তদন্তের উদ্যোগ নিয়েছে ইউজিসি। বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষকদের সংগঠন বঙ্গবন্ধু পরিষদ তাঁকে ক্যাম্পাসে অবাঞ্ছিত ঘোষণা করেছে।