প্রতিষ্ঠার পর থেকেই রংপুরের বেগম রোকেয়া বিশ্ববিদ্যালয়ে নানা অনিয়ম-অঘটন ঘটে আসছিল। বর্তমান উপাচার্য নাজমুল আহ্সান কলিমুল্লাহ দায়িত্ব নেওয়ার পর যে এসব অনিয়ম ও অঘটন বেড়েছে, সে বিষয়ে সন্দেহ নেই। উপাচার্যের অনিয়ম ও দুর্নীতির বিরুদ্ধে আন্দোলন করে আসছিল বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষক-কর্মকর্তাদের সমন্বয়ে গঠিত অধিকার সুরক্ষা পরিষদ। শিক্ষকদের অভিযোগের পরিপ্রেক্ষিতে বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরি কমিশনও তদন্ত করেছে, যার প্রতিবেদন এখনো দেওয়া হয়নি।

আইন অনুযায়ী বিশ্ববিদ্যালয় উপাচার্যের সার্বক্ষণিক ক্যাম্পাসে থাকার কথা। কিন্তু তিনি ক্যাম্পাসে না গিয়ে ঢাকায় বসেই বিশ্ববিদ্যালয় পরিচালনা করছেন। অভিযোগ আছে, বর্তমান উপাচার্য ১ হাজার ৩০০ দিনের মধ্যে ১ হাজার ১০০ দিনই ক্যাম্পাসে অনুপস্থিত ছিলেন।