পাঠ্যসূচিতে থাকলেও গুরুত্ব কমছে ইসলাম শিক্ষার। বিশেষ করে নবম ও দশম শ্রেণীর পর এসএসসি বা বোর্ড পরীক্ষা থেকেও বাদ দেয়া হচ্ছে বিষয়টি। ফলে মুসলিম প্রধান বাংলাদেশে শিক্ষার্থীদের কাছে ইসলাম শিক্ষা ঐচ্ছিক বিষয়ে পরিণত হতে পারে এমন আশঙ্কাও করছেন অনেক অভিভাবক। ইতোমধ্যে অনেকে অভিযোগ করছেন, আগামী ২০২২ শিক্ষাবর্ষ থেকেই ইসলাম শিক্ষাকে গুরুত্বহীন করে নতুন কারিকুলাম বাস্তবায়নের প্রস্তুতি শুরু করেছে জাতীয় শিক্ষাক্রম ও পাঠ্যপুস্তক বোর্ড (এনসিটিবি)।
তবে এনসিটিবি বলছে ইসলাম শিক্ষাকে কম গুরুত্ব দেয়া নয় বরং শিক্ষার্থীরা যাতে বিষয়টিকে আরো বেশি পঠন ও শিখনের মধ্যে আনতে পারে সেই লক্ষ্যেই পাঠ্যসূচিতে কিছুটা পরিবর্তন আনা হচ্ছে। আর বোর্ড পরীক্ষায় ইসলাম শিক্ষাকে বাদ দেয়া হলেও স্কুলের নিজস্ব পরীক্ষায় এটি অন্তর্ভুক্ত থাকবে।