স্বরাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের এক গোপন প্রতিবেদনে শিক্ষা প্রতিষ্ঠানের আড়ালে সন্দেহজনক তৎপরতার দায়ে অভিযুক্ত করা হয়েছে মসজিদ মিশন একাডেমিকে। বলা হয়েছে, রাজশাহীতে এই নামে পরিচালিত তিনটি শিক্ষা প্রতিষ্ঠানে নিয়োগপ্রাপ্তদের অনেকেই নাশকতা ও সন্ত্রাসবিরোধী আইনে দায়ের করা মামলার আসামি। শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের এক নিরীক্ষায় উঠে এসেছে, প্রতিষ্ঠানটিতে প্রায় ১১ কোটি টাকার হদিস নেই। আর শিক্ষা মন্ত্রণালয় সংক্রান্ত সংসদীয় কমিটির এক সদস্য অভিযোগ করেছেন, এই অর্থ রাষ্ট্রবিরোধী তৎপরতায় ব্যবহৃত হয়েছে।