বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিব রেলওয়ে সেতু নির্মাণ প্রকল্পের ব্যয় সংশোধনের পর তা বেড়ে দাঁড়িয়েছে ১৬ হাজার ৭৮০ কোটি টাকায়। এর আগে সেতুর নির্মাণ ব্যয় ধরা হয়েছিল ৯ হাজার ৭৩৪ কোটি টাকা। সে অনুযায়ী প্রথম সংশোধনীতেই রেল সেতুটির নির্মাণ ব্যয় বাড়ল ৭ হাজার ৪৬ কোটি ৮৮ লাখ টাকা বা প্রায় ৭২ দশমিক ৩৯ শতাংশ। বর্ধিত এ ব্যয়ের ৪ হাজার ৪২৮ কোটি টাকা ঋণ হিসেবে সংস্থান করবে জাপান সরকারের উন্নয়ন সংস্থা জাইকা।