খুলনা বিশ্ববিদ্যালয়ের বিভিন্ন প্রকল্প বাস্তবায়নে দীর্ঘসূত্রতা ও ব্যাপক দুর্নীতির অভিযোগ উঠেছে। উৎকোচ গ্রহণ ও দুর্নীতির মাধ্যমে কোটি কোটি টাকা ভাগাভাগি এবং লোপাটের অভিযোগ এনেছেন বিশ্ববিদ্যালয়েরই ৪০ জন শিক্ষক। এ সংক্রান্ত তথ্য-উপাত্তসহ রেজিস্ট্রার বরাবর স্মারকলিপিও দিয়েছেন তারা। তবে, উপাচার্য বলছেন, দুর্নীতির বিরুদ্ধে জিরো টলারেন্সে রয়েছেন তিনি।