পল্লী সঞ্চয় ব্যাংক নিজেদের অধীনে পরিচালিত করতে চায় পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় বিভাগ। এ বিষয়ে একটি আন্তঃমন্ত্রণালয় বৈঠকও অনুষ্ঠিত হয়েছে, যেখানে অর্থ বিভাগ ও বাংলাদেশ ব্যাংকের মতামত নেয়ার সিদ্ধান্ত হয়। এর পরিপ্রেক্ষিতে ব্যাংকটি পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় বিভাগের অধীনে পরিচালনায় আপত্তি জানিয়েছে অর্থ বিভাগ।