আল্লামা শাহ আহমদ শফীর মৃত্যু স্বাভাবিক ছিল না বলে দাবি করেছেন হেফাজতে ইসলামের নায়েবে আমির ও জমিয়তে উলামায়ে ইসলামের সভাপতি মুফতি মোহাম্মদ ওয়াক্কাছসহ কিছু আলেম। তাঁরা এর বিচার বিভাগীয় তদন্ত দাবি করেছেন।