মৃত্যুর আগে সংগঠনের নেতৃত্ব ঠিক করে গেছেন হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশের প্রয়াত আমির আল্লামা আহমদ শফী। তার নির্ধারণ করে যাওয়া নতুন কমিটিতে নিজে আমির এবং মহাসচিব আল্লামা জুনায়েদ বাবুনগরী স্বপদে বহাল থাকলেও সিনিয়র নায়েবে আমির হিসেবে নির্বাচিত করে গেছেন মাওলানা আহমদ দিদার কাসেমীকে। এ ছাড়া বেশ কয়েকটি গুরুত্বপূর্ণ